阿里巴巴以合伙人制度上市，[开曼公司上市]早已在市场内引起各方辩论及争议。集团上市前夕，执行主席马云的私人投资，再被质疑与集团的投资涉嫌有利益冲突，随时损害阿里小股东的权益之嫌。
除了此次入股华数传媒[-0.27% 资金 研报]，令公私投资界线模糊外，早前马云将私人飞机租给集团，但要由集团承担维修及油费，并要缴付租金，但飞机却主要由马云使用，被批评由公司帮马云“养飞机”。
同时，集团的招股文件亦披露，马云有份持股的支付宝，不纳入上市架构之内，日后可能引起各式争议。过去，马云曾将支付宝，从集团体系中剔出时，引起与股东美国雅虎之间的争拗，曾被指斥将股东资产私有化，最终双方以钱解决达成和解，才将风波平息。
阿里巴巴准备于美国招股上市，现任政协副主席的董建华却被一名北京律师质疑有利益冲突。同时，马云与集团近期四出投资不同项目，被市场人士指公私不分，小股东权益随时蒙受损失。
市传阿里准备在8月份上市，有传媒引述，北京国联律师事务所合伙人李宾，昨日表示董氏应辞任阿里独立董事一职。主因董建华任政协副主席，而令中央政府与私人企业，有潜在的利益冲突。同时，一旦阿里于美国涉及官司，董建华身为独立董事，要面对法律责任，故建议阿里应在上市前，解决相关问题。
阿里6月时在美国证监会更新招股文件时，[注册毛里求斯公司]披露由董建华任其中一名独董，主要看中他于中美商界的人脉，可助集团拓展业务，而阿里发言人不回应有关言论。与此同时，《华尔街日报》指出，阿里与马云近期频频出手收购，有机会损害小股东的利益。
报道指出，马云与阿里创办人之一谢世煌，今年4月联同巨人网络董事长史玉柱，斥资65.36亿元(人民币，下同)，入股内地数码媒体公司华数传媒。不过，阿里同时借予谢世煌借出65.36亿元以为交易找数，复合年息8厘年期10年，报道质疑阿里将公司资金借予公司高层作私人投资，有公私分野模糊之嫌，易惹利益冲突。
报道引述市场人士认为，马云一方面以私人名义投资不同项目，同时阿里亦斥资入股相关项目，令交易过程涉及私人及公司的买卖，透明度不足之余，更对阿里的小股东不公平。虽然阿里解释入股华数，可助拓展集团的娱乐业务，但没有解释为何会引入史玉柱这名第三方人士，随时引起马云及其关联人士，与小股东之间的利益冲突。
