据香港特区政府网站消息，香港九日与日本就收入避免双重征税及防止逃税签订协定。
该协定是香港签订的第十六份全面性避免双重征税协定(全面性协定)。在此之前，香港已先后与比利时、泰国、中国内地、卢森堡、越南、文莱、荷兰、印尼、匈牙利、科威特、奥地利、英国、爱尔兰、列支敦士登和法国等贸易伙伴签订全面性协定。
全面性协定阐明协定双方的征税权及不同的被动收入的税率宽免。这会有助投资者更有效地评估其跨境经济活动的潜在税务负担，加强两地的经济贸易连系，以及进一步鼓励日本及香港公司在彼此地方营商或投资。
在没有该协定的情况下，香港的公司从日本设立的常设机构(例如销售点)所得的利润，如果源自香港，可能须在两地课税。在该协定下，这些公司在日本所缴纳的税款，将可以根据香港的税务法例从香港所征收的相关税项中抵免，从而避免双重征税。
在没有该协定的情况下，香港居民若在日本收取股息收入，而该等股息收入并非源于在当地所设的常设机构，现时须向日本缴交20%的预扣税。在该协定下，若收款人为公司，而直接或间接持有支付股息公司最少10%的表决权股份六个月，有关预扣税率会降至5%，其他情况下的预扣税率则会降至10%。此外，香港居民现时于日本收取的特许权使用费须在日本缴交20%的预扣税。在该协定下，有关的特许权使用费预扣税率会以5%为上限。日本向香港居民征收的利息预扣税率会由现时的20%降至10%。
在该协定下，香港的航空公司经营往日本的航线，只需就有关利润按香港税率(比日本的税率为低)缴纳香港利得税，而无须在日本缴税。现时香港居民从日本国际航运收入赚取的利润，须在该国课税。在该协定下，日本将豁免香港居民航运收入的税项。
香港与日本的全面性协定采用了经济合作与发展组织的最新资料交换准则。香港与日本的全面性协定将待双方完成有关的批准程序后开始生效。就香港而言，行政长官会同行政会议须根据《税务条例》就协定作出一项命令，该项命令须经立法会审议通过。
香港正积极与主要的贸易及投资伙伴建立全面性协定的网络。假若不能即时就全面性协定与其他地区展开磋商，香港也会寻求与有关伙伴订立仅限于国际航运或空运业务收入的有限度避免双重征税协定。现时，香港已签订了二十七份限于空运的避免双重征税协定、六份限于航运的避免双重征税协定及两份限于空运与航运的避免双重征税协定。
