财政部、国家税务总局于2009年12月25日联合发布了《关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号文件，以下简称“125号文”），对企业所得税法及其实施条例关于境外所得税抵免制度的原则性规定作了进一步明确，对于各地税务机关和纳税人而言也更具可操作性。
不同的投资方式架构选择，以及境外利润的汇回安排，都将对企业的整体税务状况产生影响。因此，无论是已拥有海外投资，还是正在计划“走出去”的中国企业，都应当审视其现有或计划中的境外投资架构和资金运作模式，充分利用125号文下可能出现的税务筹划机会，并综合分析、权衡其对于运营收入、股息和资本利得等各方面的影响，在合规性的前提上做出最优决策。
一、抵免层级的确定
企业所得税法及其实施条例规定，中国居民企业直接或者间接持有外国企业20%以上（含20%，下同）股份时，上述外国企业汇回的股息所负担的实际缴纳的境外所得税才允许从中国居民企业就该股息收入缴纳的中国企业所得税中进行抵免。125号文明确了间接控股架构的抵免层级为三层外国企业，即第一层：单一居民企业直接持有20%以上股份的外国企业；第二层：单一第一层外国企业直接持有20%以上股份，且由单一居民企业直接持有或通过一个或多个符合本条规定持股条件（直接持有20%以上的股份，下同）的外国企业间接持有总和达到20%以上股份的外国企业；第三层：单一第二层外国企业直接持有20%以上股份，且由单一居民企业直接持有或通过一个或多个符合本条规定持股条件的外国企业间接持有总和达到20%以上股份的外国企业。
在境外投资的中国企业可能采用单层架构（“直接控股架构”），直接持有外国企业股权；但实践中多层架构也被普遍运用，通过在境外低税负国家或地区设立的一个或多个中间控股公司，间接持有外国企业的股权（“间接控股架构”）。在间接控股架构下，未来转让外国企业的股权时，可以将股权转让所得保留在境外中间控股公司，递延中国企业所得税的纳税义务（假定不涉及中国“居民企业”或“受控外国公司”的规定，下同）；同时在外汇资金循环使用、境外引进战略投资者或境外资本市场上市等方面，间接控股架构均具有较大的灵活性，因此在实践中这一架构运用得更为普遍。
125号文实施后，中国企业在设计海外控股架构时，需要注意抵免层级的限制，三层以下外国企业所产生的股息汇回中国时，相应所缴纳的境外所得税将不得进行抵免。
二、持股比例的限制
如果中国居民企业直接持有外国企业的股份低于20%，则不符合125号文关于境外所得税抵免的规定。在此情况下，就可能需要援引中国与某些国家签订的税收协定中的“消除双重征税”条款以享受税收抵免的优惠待遇。例如，在中国与澳大利亚、美国、加拿大等签订的税收协定中，10%以上持股比例的股息分配即允许在抵免时考虑支付股息外国企业就股息部分缴纳的境外所得税。
然而，在间接控股架构下，能否借助上述协定条款突破20%的持股比例限制尚不确定。假设外国企业所在国与中国签订的税收协定包含上述优惠条款，如果中国税务机关能够参照协定待遇中的“受益所有人”概念，“穿透”中间控股公司，认定中国居民企业仍可适用上述协定优惠条款抵免投资东道国的所得税，则将给“走出去”的国内企业带来实惠。
与此类似，在直接控股架构下，中国居民企业可以较为容易地利用中国与投资东道国（例如泰国）税收协定中的“税收饶让”条款，避免境外子公司在投资东道国享受的所得税减免因股息汇回补缴中国所得税而未能享受到优惠待遇。而在间接控股架构下，“税收饶让”条款的适用能否同样参照“受益所有人”的概念“穿透”中间控股公司，也有待税务机关进一步明确。
三、间接抵免的计算
根据125号文规定，间接抵免中“境外投资收益间接负担的税额”按以下公式逐层计算：
（本层企业就利润和投资收益所实际缴纳的税额＋符合125号文规定的由本层企业间接负担的税额）×本层企业向一家上一层企业分配的股息（红利）÷本层企业所得税后利润额＝本层企业所纳税额属于由一家上一层企业负担的税额
从这个公式可以看出，如果中国居民企业通过一家海外中间控股公司分别持有高税负国家（地区）和低税负国家（地区）的运营公司，未来境外运营公司向中国居民企业汇回的股息所负担的税额（即允许抵免中国企业所得税的境外税额）主要依赖于高税负国家（地区）和低税负国家（地区）的运营公司分别向中间控股公司分配股息的比例关系。换言之，如果高税负国家（地区）运营公司汇回的股息比较多，低税负国家（地区）运营公司汇回的股息比较少，则中间控股公司汇回中国的股息所间接负担的境外所得税额就会比较高，相应就可以抵免较多的中国企业所得税（同时取决于境外所得税抵免限额）。
四、抵免限额的计算
125号文进一步明确了企业所得税法及其实施条例中按“分国不分项”原则计算某国（地区）所得税抵免限额的规定，具体计算公式如下：
中国境内、境外所得依照企业所得税法及实施条例的规定计算的应纳税总额×来源于某国（地区）的应纳税所得额÷中国境内、境外应纳税所得总额＝某国（地区）所得税抵免限额
计算上述“中国境内、境外所得依照企业所得税法及实施条例的规定计算的应纳税总额”所使用的税率通常为25%.
从该计算公式中可以看出，如果增加境外收入、降低境外成本费用，则来源于境外的应纳税所得额会相应增加，从而提高境外所得税抵免限额。例如，在境外某国家（地区）实际缴纳的境外所得税不变的前提下，如果能够将境内外业务共同发生的某些费用在合理的基础上更多的分摊到境内，则可以提高境外业务的应纳税所得额，相应提高该国家（地区）的境外所得税抵免限额。
五、简易计算方法
125号文规定，企业从境外取得营业利润所得以及符合境外税额间接抵免条件的股息所得，虽有所得来源国（地区）政府机关核发的具有纳税性质的凭证或证明，但因客观原因无法真实、准确地确认应当缴纳并已经实际缴纳的境外所得税税额的，除例外条件外可按境外应纳税所得额的12.5%作为抵免限额。
在实践中，各地税务机关可能出于征管方便和增加税源的考虑，较多的采用这一简易计算方法，使企业从境外高税负国家（地区）取得的股息收入无法充分享受抵免待遇。
境外投资架构影响
基于上述五个要点的分析，中国企业如何对境外投资架构进行设计，将会对其境外所得的中国税纳税义务产生时间、允许抵免的境外所得税等方面产生重大的影响。
1、分公司和子公司
当境外项目所在地的实际税负（包括公司所得税和利润汇出预提税）低于中国时，选择不同的境外项目公司组织形式，会带来不同的税务影响。
如果设立为分公司，其取得利润应在当年计入中国企业的应纳税所得额，需立即按税率差补缴中国企业所得税。相反，如果设立为子公司，子公司的税后利润在汇回中国时才需要按税率差补缴中国企业所得税；因此，若投资者暂时将子公司的税后利润保留在境外，可有效递延中国所得税的纳税义务。
2、直接控股和间接控股
如上所述，直接控股架构在税务上的优点主要集中于，能够明确享受税收协定中税收饶让条款，以及比国内税法更优惠的境外所得税抵免待遇（即突破20%的持股比例限制）两方面。
需要注意的是，上述协定待遇在间接控股架构下能否顺利享受尚存在不确定性。即使中国税务机关允许中国居民企业参照“受益所有人”概念享受相关的协定待遇，居民企业仍有可能需要提供较多的文件资料证明其“受益所有人”的身份，在实际操作中可能会带来一定的难度。
从所得税角度来看，间接控股架构的主要优点则体现为可能取得递延甚至降低中国企业所得税的效果。如果中国企业境外子公司的实际税负低于中国所得税税率25%，则直接控股架构下，股息汇回中国需要当即按税率差补缴中国企业所得税。但是，在间接控股架构下，境外第二层、第三层公司汇回的股息可以暂时保留在上一层的中间控股公司而不汇回境内，用于投资海外其他项目，从而递延中国企业所得税的纳税时间。
此外，间接控股架构可能实现境外高税负国家（地区）和低税负国家（地区）投资收益的“中和”，充分利用境外所得税抵免，从整体上降低需要补缴的中国企业所得税税负。我们将在下一部分对此进行详细分析。
3、间接控股架构下的境外利润汇回
在间接控股架构下，如果境外多个国家（地区）的第二层、第三层子公司通过第一层中间控股公司向中国企业汇回股息，在计算需要补缴的中国企业所得税时需要注意两个概念，即“该股息负担的境外所得税额”和“某国（地区）所得税抵免限额”——境外子公司汇回股息当年实际可抵免的境外所得税按两者孰低确定。
首先，根据间接抵免中“境外投资收益间接负担的税额”计算公式，中间控股公司向中国企业汇回股息所负担的境外所得税，与下一层境外企业所汇回的股息金额以及对应的境外所得税有关。
其次，境外投资收益可抵免的境外所得税以该利润应缴纳的中国企业所得税为限。在计算抵免限额时，应遵循“分国不分项”的原则，但“分国”原则是否“穿透”到最底层境外企业，还是仅应用在中国企业直接控制的第一层境外企业，125号文没有作出明确规定。
由于各层境外企业的税后利润和已缴纳的境外所得税在各个层面累积和分配的时点存在差异，征纳双方需要考虑设定一个跟踪税后利润和境外所得税流向的机制（如税后利润和已缴纳外国税的跟踪表），以便于计算中间控股公司向中国企业汇回股息所负担的境外所得税。
4、境外低税负国家/地区的利用
由于中国企业目前海外投资东道国税率普遍高于25%，通常利润汇回无需补税。但是可能会产生外国税收抵免的超限额度。同时，也有不少企业选择在低税负国家（地区）设立公司；如果将低税负国家（地区）的税后利润完全汇回中国，就可能面临补缴巨额所得税税款的问题。然而，如果在低税负地区设立主要从事融资、贸易、技术许可等业务的公司，配合高税负国家（地区）的投资和股息分配安排，就可能在整体上起到降低或递延税负的效果。
