一、进口关税
所有商品进口时一律征收5 至10%不等的海关关税。所有进口的商品进入马达加斯加市场，需交纳15%的交易税。马达加斯加对商品实行从价税；衡量的标准为商品的价格加上运费和其它宇销售和运输有关的费用；所谓的商品价格是指商品进入马达加斯加时从商业者手中得到的价格，也是发票价，此价一般反映出回扣、折扣等。马达加斯加对任何向其进口商品的国家收取平等的进口税和消费税。对于制药业中的化学物品，征收25%的进口关税。
二、进口单证
1、商业发票 一式6份，分别陈述货运成本及运费。如果发票为英文文本，进口商应另备法文译本，发票中应详细描述商品的重量（净重、毛重）；尺寸或体积；出口商姓名、签名；包装型号及数量；商标及货物标号；对货物的准确、详细、完整的描述；单价和总价；海运、保险或意外损失费。
2、包装清单 需要包装、重量清单一式3份，清单中需要详细描述每种包装中所装物品名称、数量、毛重、净重、每件货物的价值，同时需要注明送货工具、方式。
3、装载清单 3份原件，1份复印件。均需盖章，注明日期、物品的毛重、净重、尺寸或体积、商标、进口商姓名、签字。为了海关迅速验货，物品的货运商标、载货清单号、容器、发票应相符。装载单位由货运公司和公务机关签署。航空运输有专门的航空装载单。
4、 估价单 申请者在申请许可证的同时，还需要递交估价单。估价单因申请种类不同，而分为一式4份或一时6份。若此单为英文本应译成法文。此估价单的价格需确定，尚未销售出去的物品价格或预定物品价格不被认可。
5、 卫生许可证 某些动物在进入马达加斯加时需要卫生或其他部门的许可证，届时会通知进口商。
三、进口管制
1、装货前检查 进入马达加斯加的物品大多数必须经过质量、数量和价格的检查。如果需要进行货前检查，进口国的政府机构需向检验机构提供以下文件：进口许可证、估价单和其他文件，注明某种物品需要检验；检验局收到这些文件后，将与卖主取得联系，并安排对物品的检验。如果物品的质量、数量、价格合理的话，将发放检验报告；如果物品的质量、数量、价格方面有问题，检验局将不通过。
2、入关与再出口 进入马达加斯加的商品或是要在当地消费、入库、国境，或是转船，在到达后的24小时内，进口商必须出示运货人的载货单和注明是否及何处存放物品的申报单。物品在15天内要运走，超过这一期限，进口商或货运商要付仓储费、手续费和其它费用。4个月之后，无人认领，物品将被拍卖。极有限的一部分商品，因特别原因允许免税进入。这种商品要求进口商出具再出口的担保书，保证6个月内再出口，若不再出口、将支付需要的海关税并加以处罚。
四、自由港
1990年马达加斯加政府批准建立出口区，主要是在首都塔那那利佛、图阿马西纳港和安采拉纳纳港。法律条款适用于在自由贸易区的工业商号或与出口产品有关的投资。为吸引外商投资，马达加斯加政府颁布多项优惠政策。具体做法有：1、政府提供国有土地。土地不可转让，使用期为50年，到期可延长使用期限；2、保证企业所有权；3、享受政府与任何国家签订的双边协定中所规定的优惠条件；4、政府保证提供原材料、人力和能源；5、商业的转汇、红利的汇处、财产的转移、资本的输出以及设备的进口与出口均不上税；6、在出口区内买卖外汇不受限制。出口区内可设立银行，办理外汇业务；7、为在出口区内工作的外国人出入境提供方便。另外，在一定条件下，出口区的企业可免所得税、进口税、增值税和各时期的登记费。符合这些条件款而建立的第一个出口区是在图阿马西纳港。
