昆山出口加工区于2000年4月27日经国务院批准设立，2000年9月6日第一家通过国家验收，并于10月8日正式封关运作，成为中国首家封关运作的出口加工区。2006年12月经国务院批准，开展拓展保税物流功能和开展研发、检测、维修业务试点,成为全国首批开展拓展功能七个出口加工区之一。
昆山出口加工区位于国家级昆山经济技术开发区内，规划建设面积2.86平方公里，基础设施建设已全部完成。目前，已引进入区注册项目103家，其中工业企业90家，物流企业13家。引进项目总投资18.04亿美元，注册资本8.81亿美元，实际到帐外资6.58亿美元。已投产企业82个，其中工业企业75个，物流企业7个，从业人员8万人。2007年完成进出口总额315.78亿美元，其中出口208.52亿美元,平均每平方公里进出口超过100亿美元；工业产值销售1256亿元，年均每平方公里产值销售超400亿元。已形成了电子信息、光电、精密机械产业和保税物流产业集群。2007年笔记本电脑产量3800万台，占世界产量近40%，数码相机产量1000万台，手机、导航仪产量1000万台。
昆山出口加工区保税物流园规划为三期，一期150亩已建设完毕，建成 3.8万平方米保税仓库和4万平方米物流场站；二期340亩正在建设11万平方米保税仓库和2万平方米产品展示中心；三期220亩由5家物流企业开工建设17万平方米保税仓库，全部建成后将拥有32万平方米保税仓库和2万平方米展示馆。自2007年1月试点工作正式启动以来，运作情况良好。截至2007年底，已有7家物流企业开展保税物流业务试点，物流企业进货入库金额82.74亿美元；出库金额88.69亿美元，物流企业营业收入7164万元�？故酆蠓竦纳推笠荡�24家，售后服务收入3.02亿美元；开展维修业务企业8家，维修业务收入7013万美元；开展检测业务企业1家，检测业务收入0.17万美元。2008年1—3月，物流企业入库金额达32.53亿美元，出库金额达21.83亿美元。
昆山出口加工区拓展保税物流功能试点工作的开展，使出口加工区成为具有以保税加工为主，保税物流为辅，以及研发、检测、维修业务功能齐全的综合型保税区域。
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