合肥国家高新技术产业开发区1990年10月奠基，1991年3月经国务院批准首批成为国家级高新区。
1997年9月，合肥高新区作为全国53个国家级高新区的杰出代表，被国务院批准为向亚太经济合作组织（APEC）成员特别开放的科技工业园区，1999年被国家批准为技术创新工程区域试点高新区，2000年被国家认定为高新技术产品出口基地。高新区已成为安徽省发展高新技术产业的龙头，技术创新、科技成果产业化和高新技术产品出口的重要基地。
建区以来，合肥高新区在科技部的直接指导和安徽省委省政府、合肥市委市政府的领导下，以“发展高科技，实现产业化”为宗旨，紧紧围绕加快发展高新技术产业这一主题，加强体制创新和机制创新，努力营造优良的发展环境；健全技术创新体系，大力开展创业服务；加大招商引资力度，积极培育特色和优势产业，锐意进取，真抓实干，逐步建立了一整套与国际惯例接轨、适合本地区实际的发展高新技术产业的全新的管理体制和运行机制，为推动全国高新区发展和本地区高新技术快速成长作出了自己的贡献。
目前，高新区集中新建区规划面积约30平方公里，已在近10平方公里范围内全面实现了“九通一平”，园区支撑服务体系日臻完善，海关、法院、公安、检察院、律师事务所、会计师事务所、审计事务所、学校、医院、住宅小区、餐饮、文化娱乐场所等一应俱全，拥有区内企业500多家，总投资131亿元，注册资本108.37亿元。其中，外资企业122家，总投资7.2亿美元，注册资本5.9亿美元，实际利用外资3.80亿美元，吸引了来自美国、日本、韩国、德国、瑞士、加拿大、澳大利亚以及东南亚等二十多个国家和地区的客商前来投资，初步形成了电子信息、生物医药、新材料、光机电一体化等四大高新技术产业企业群体。2002年，高新区完成固定资产投资10.73亿元，财政收入2.35亿元，实现社会总产值176亿元，技工贸收入171亿元，分别比2001年增长73.9%、22%、31.6%、和31%。
在区内企业中，高科技项目占主导地位，科技型企业占总数的80%以上，其中经认定的高新技术企业达172家，占全省的35%。江淮汽车、荣事达、三洋、国祯环保、合力叉车被安徽省科技厅列为重点高新技术企业。目前高新区有火炬计划项目120个，拥有国家级企业技术中心2家，省级企业技术中心3家，国家863计划成果产业化基地3个，国家级工艺装备实验基地1家，国家级检测中心8家。安科a-2b干扰素等3个项目被科技部列为重点火炬计划项目；网迅公司“网络会议系统”等3个项目被科技部、外经贸部列入国家科技兴贸行动计划项目；中科大讯飞、荣事达科源、英科智控等公司被批准为国家863计划产业基地；创业中心、软件园、留学生园、大学科技园、民营科技园分别被科技部批准为国家级创业中心、国家火炬计划软件产业基地、国家留学人员创业园、国家大学科技园、国家民营科技园。
十多年来，高新区在成果转化和产业培育取得了十分突出的成就，万燕VCD、科大讯飞的语音信息合成、四创电子的EVD、安徽现代的字幕机、安徽三联的智能交通事故管理系统等，均在开创全国新兴产业或在相应产业领域的创新上产生过巨大影响，为发展我国具有自主知识产权的民族高科技产业作出了显著贡献。为加大科技成果转化力度，加快成果产业化培育，高新区管委会在孵化器建设上先后投入3亿多元，并争取省、市科技厅（局）支持，推动了政府、事业、企业多元投资孵化器局面的形成，构筑了综合类、专业类、专门类三大门类比较齐全的一区多园发展格局，孵化面积达到近17万平方米，吸引孵化企业数近300家，各类专业人才1万多人，其中，博士有100多人，硕士500多人，设立了博士后工作站7个。形成了可持续发展的有利局面。
高新区的发展成就，受到了国内外的广泛关注。1998年9月24日，原中共中央总书记、国家主席江泽民亲临高新区视察，亲笔题写了“合肥国家高新技术产业开发区”区名。现任中共中央总书记胡锦涛、人大委员长吴邦国、国务院总理温家宝以及曾庆红、李鹏、李瑞环、李岚清、吴仪、丁关根、田纪云、李铁映等党和国家领导人也先后视察合肥高新区，对合肥高新区取得的成就给予高度评价。
