CEPA的第一个基本目标是，逐步减少或取消双方之间所有货物的关税和非关税壁垒。按规定，从2004年起，内地对273个税目的原产香港商品取消关税和非关税壁垒，对其他原产香港商品不迟于2006年1月1日实施零关税。
对内地的制造业而言，CEPA影响比WTO还要大。内地对WTO的承诺只是降低有关产品的关税水平，而对CEPA的承诺则是给予有关产品零关税待遇。香港产品以零关税进入内地市场，对香港的制造业发展意义重大，对内地的制造业将产生深刻影响。随着CEPA的落实，两地在制造业方面的合作将可能呈现新的局面。
（1）内地制造业面临新机遇
两地高新技术产业合作的新契机
CEPA将可能促使香港出现再次工业化，与以往不同，这次工业化将主要是高技术含量、高附加值产业的发展。CEPA所蕴藏市场机会将使一些欧美国家高技术产业投资香港，给香港高新技术产业发展增添了新的动力。
欧美国家对中国内地有技术出口限制，因此部分企业会把某些技术投资于香港，然后借助CEPA把产品销往中国内地，获取市场收益。这些将可能促使香港发展出一个具有相当规模的高技术含量、高附加值产业，这将为两地在高新技术产业领域展开合作创造条件。
制造业整体提升
CEPA为香港专业服务进军内地市场开辟了道路，使香港服务业与内地制造业的合作进入新阶段。香港高品质的服务业，特别是管理咨询、会计审计、国际市场开拓方面的专业服务，正是内地制造业所急需的，它们的进入，将可能改造和提高内地制造业的素质，提高内地企业的国际形象，增强其市场竞争力，促进内地产品更为有效地进军国际市场。
加强合作与分工
CEPA为两地在制造业领域展开强强合作创造了条件。香港可能在数字技术、纳米技术、软件业和生物制药等领域有所发展，建立起以掌握核心技术的高技术产业和高附加值的传统制造业为特色的产业结构。内地可在多年来形成的加工贸易业发展基础上，建立起以一般制造业和广泛领域的高新技术产业为基础的制造业体系。
两地在制造业领域分别高度发展，又有较为细致的产业内分工，整合资源，形成在吸引人才、资金上的优势，合作开展最前沿的技术研发工作，形成强强合作的局面，促进两地在制造业发展上更上一层楼，加大两地的经济融合。
优化营商环境
CEPA可能导致部分港资企业有回流的愿望，而这一愿望归根结底还是源于关税取消所带来利润增长。如果在内地的港资制造业企业的营商环境进一步优化，企业的营商成本得到降低，所产生的利润增长作用就对CEPA相关效应有替代作用，起到稳定港资企业继续留在深圳发展的效果。
内地可以运用传统的降低企业劳动力成本、土地成本的手段和运用改善交通条件，加强知识产权�；�，改进政府服务等新的手段，来改善企业营商环境，达到促使港资企业在内地稳步发展的目标。
打造自有品牌
CEPA对深圳制造业形成冲击，在很大程度上要归因于“香港制造”有较强的产地优势，归因于深圳与香港在营商环境上的差距。内地为实现制造业的长足发展，就要进一步优化营商环境，从根本上提高经济质素和竞争力。
内地要对照香港的经济环境，建设良好的社会主义市场经济环境，努力打造出能与“香港制造”产地品牌良性竞争的，具有较高信誉度的“中国制造”产地品牌�！爸泄圃臁辈仄放频男纬�，将不仅会提升内地制造业的发展水平，而且会促进两地经济融合和共同发展。
（2）制造业将呈新格局香港制造业大扩张
据香港特区政府测算，273个税目的原产香港商品以零关税进入内地市场，将直接为香港产品节省7.5亿港元的关税支出，而以后的零关税安排将使90％的香港产品受益，按2002年香港出口到内地的产品总值420亿港元，平均关税9％为基数计算，零关税将为香港制造业减少关税开支约40亿港元。
CEPA所规定的“零关税”将推动整个香港制造产业的迅速扩张，促使制造业在香港产业体系中地位大幅度提高。目前香港制造业占国内生产总值的比重不到10％，与新加坡、台湾、瑞士等小型经济体系的30％以上相比，还有很大的上升空间。香港特区政府可能会借CEPA的机会，调整产业政策，对制造业给予一些具体的税费等方面的支持，香港制造业发展可能出现一种新的状态。
部分港企可能回流
CEPA为许多原产香港商品进入内地市场消除了关税阻碍，从而使原产香港商品的产地优势和市场环境优势凸显出来，进而可能引发部分港资企业或企业生产工序回流。
钟表、珠宝等高附加值产业的产品，内地市场的进口关税都很高，零关税给这类产品带来的收益比较大，同时这些产业在内地生产的劳动力、厂房等成本节约意义不大，此类产业的部分港资企业可能回流搬迁；服装业，“香港制造”的产地品牌优势可以使其获得较大的提价空间，同时香港在工人技术和产地品牌存在一定的优势，一些港资企业的研发、设计、推广类高附加值的生产工序回流香港也可能有所得益。
但制造业企业的最终利润要取决多方面因素。目前香港一般工人工资和厂房租金数倍高于内地，对于占绝大多数的劳动密集型和厂房用地需求量大的港资企业，这些都可能抵消CEPA对回流港资企业的收益影响，构成港资企业回流的阻滞力量。
引资难度加大
CEPA将促使中国制造业发展出现新的格局，导致内地在吸引外资上可能要面对来自香港和内地其他地区更为激烈的竞争，内地制造业招商引资的难度将有所加大。
CEPA的落实，将会使香港产品内地产品有同样的内地市场机会，促使香港对某些新的制造业投资，特别是对经济环境要求高的高新技术产业投资，吸引力增强，从而促使香港成为内地的有力竞争对手。
同时，CEPA将可能改变许多加工贸易类投资的性质，这类企业的产品不再是“两头在外”，可以面向国内与国际两种市场了，这样将可能使一些投资转向劳动力与土地成本更低、市场腹地不同的内地其他地区，特别是长三角地区和中西部地区。
