“CEPA”实施两年多以来，广东口岸成为香港CEPA“零关税”货物的主要进口地，香港制造业从中受惠，CEPA优化香港产业结构效果逐步显现。海关总署深圳原产地管理办公室统计，2006年广东口岸共进口香港CEPA项下受惠货物共2.86亿美元，税款优惠2.05亿元人民币。
据了解，经过前两年的成功运作，零关税政策已为香港业界广泛认同与运用，进口商业已熟练掌握海关通关程序，加上第二阶段“零关税”降税范围基本涵盖了现阶段香港本土所有产业，2006年，CEPA整体实施开始进入平稳递增的成熟发展阶段。
香港CEPA实施前两年，受惠进口的基本以“枇杷膏”、服装和食品等消费型产品为主。随着降税范围的逐步扩大，越来越多的港产原料成为广东生产制造业的稳定供应源，粤港两地资源得以进一步优化配置，融合程度日益加深。据统计，广东口岸2006年共进口香港CEPA项下进口塑料原料同比增长82.3％；棉纺织原料同比增长了1.87倍。据分析，从实施之初以枇杷膏等中成药产品进口为主，到2006年机械产品开始受惠进口，说明CEPA实施两年多之后，其促进香港产业结构调整和优化的作用取得了实质性的成效。
